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cDNAライブラリの使い方や特徴がよくわかりません

大学の講義でcDNAライブラリーをλファージや大腸菌を使ってcDNAを増やすというようなことを習いました。
ここで下のことがよくわかりません。

・何かの細胞or組織からmRNAを抽出して作ったものはcDNAライブラリー(それぞれが違うたんぱく質部位をコードしたcDNAの集まり)なのか、それとも同じcDNAばかりが集まったものなのか。

・cDNAライブラリーとはいろんなcDNAがごちゃまぜで保管されいるのかorあるいは何か容器ごとに「これは…のタンパク質のcDNA、これは…のタンパク質のcDNA・・・・・」というように区分けされて保管されているのか。

・ライブラリーは既知物を複製するためor未知物の配列を調べるためどちらのためにつかう物なの か?

・前者の場合どうやれば複製した既知物を単離できるのか?


つまりそもそも組織からはなんのcDNAが手に入るのかがわかりません。
またcDNAライブラリーは既知物を増やすためにライブラリーから、使うcDNAを取り出すってことなら意味はわかるのですが、未知のたんぱく質の配列を調べるためにつかうのであれば、そのたんぱく質をつくっているmRNAからcDNAなり、なんなりをつくり解析すればいいのではないでしょうか?(だから未知物解析のためならライブラリーは必要ないのではないか)

ほかにもいろいろよくわかっていないことがあるのですが、まずこんな初歩の部分ですらよくわかっていません。
解説お願いします。

投稿日時 - 2010-12-04 10:39:18

QNo.6361864

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回答(2)

ANo.2

>何かの細胞or組織からmRNAを抽出して作ったものはcDNAライブラリー(それぞれが違うたんぱく質部位をコードしたcDNAの集まり)なのか、それとも同じcDNAばかりが集まったものなのか

前者です。それがまさにcDNAライブラリーです。
たとえば、脳からmRNAを抽出して逆転写すればbrain cDNA libraryです。

>cDNAライブラリーとはいろんなcDNAがごちゃまぜで保管されいるのかorあるいは何か容器ごとに「これは…のタンパク質のcDNA、これは…のタンパク質のcDNA・・・・・」というように区分けされて保管されているのか。

現代ではどちらもあり得ますが、教科書的にファージcDNAライブラリーという場合は、
ごちゃまぜのものをイメージすればOKです。
上の脳の例でいうと、brain cDNA library(ごちゃまぜ)をまとめてファージDNAに組み込んだものが、ファージbrain cDNA libraryです。

>ライブラリーは既知物を複製するためor未知物の配列を調べるためどちらのためにつかう物なの か?
>前者の場合どうやれば複製した既知物を単離できるのか?

どちらもあります。
欲しいcDNAがあって、単離されたものがないときは、ライブラリーからPCRで増幅できます。
増幅したcDNAを電気泳動で分離して、バンドを切り出して適当なベクターに組み込みます。
あとは大腸菌に形質転換して、目的のcDNAが入ったベクターを回収すればOKです。

未知物への応用はcDNAをそのまま使うよりも、発現クローニングの方が多いと思います。


>未知のたんぱく質の配列を調べるためにつかうのであれば、そのたんぱく質をつくっているmRNAからcDNAなり、なんなりをつくり解析すればいいのではないでしょうか?

cDNAを使わずに「そのたんぱく質をつくっているmRNA」を取るのは技術的に難しいのです。

まぁ実際問題、ポストゲノムの現代では、未知のたんぱく質の配列というのはほとんどなくて、
cDNAライブラリーはスクリーニングに応用されることがほとんどですが。

投稿日時 - 2010-12-09 15:18:34

ANo.1

otx

この質問に答えるには、ここではあまりに長くなりますので、
まずはこちらの書籍をご覧になったらいかがでしょうか?

http://www.shujunsha.co.jp/book/4-87962-/172-2.html

投稿日時 - 2010-12-07 17:43:16

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