質問者様が取り寄せた入試資料（入学者選抜要項等）に記載している筈です。
大抵の大学では調査書は複数の入試方式に渡っても1通で済みます。

「ネット上の情報(OKWaveの回答含む)で確認ができた」では今後手続きの際に不安ですので、文書・インターネットページを隅々まで確認し、それでも分からなければ南山大学の入試課に問い合わせて頂いた方が良いかと思います。説教臭くてごめんなさい。

「Web出願」については以下の記載がありましたので、下にリンクを記載します。
http://www.nanzan-u.ac.jp/admission/qa/webshutsugan.html#4_01

“Q:調査書は何通必要か。
A:1回の送付につき、1通必要です。複数の入試方式を併願する場合でも、1通で結構です。ただし、2回に分けて郵送する場合などは再度調査書を準備してください。”

投稿日時 - 2015-12-06 21:32:43